En la historia se muestran las vivencias de dos hermanos
alquimistas, que pese al tabú impuesto al respecto, intentaron resucitar a su
madre. Esta prohibición pesa sobre la llamada transmutación humana,
mediante la cual, si se comprende perfectamente el proceso, se puede
reconstruir de cero un cuerpo humano, e insertar en él el alma del difunto, u
otra creada artificialmente.
La alquimia humana se rige, igual que toda
alquimia, por el Principio de Intercambio Equivalente: hay que dar algo de un determinado
valor para conseguir algo del mismo valor. Sin embargo, para realizar dicha alquimia,
se necesitan dos cosas muy preciadas: los conocimientos para llevar a cabo la
transmutación, y la propia alma. Por ambas, hay que pagar. Los hermanos Elric
desconocían que el precio sería el cuerpo de Alphonse, el menor, y la pierna
izquierda de Edward, el mayor. Tras esto, y en un momento de desesperación, Ed
sacrificó su brazo derecho para recuperar el alma de su hermano y atarla a una
armadura. Ed sustituyó los miembros perdidos mediante Automail, y poco después
empezó junto a su hermano a viajar por todo el país buscando la forma de
recuperar la totalidad de sus cuerpos originales.
Para ello, Ed aceptó la oferta de un oficial del Estado,
el Coronel Roy Mustang, para ser parte del ejército, donde alcanza el rango de Alquimista
Nacional, donde se le da el nombre de Alquimista de Acero, lo cual le da
más libertad de movimiento.
Su búsqueda les lleva por numerosas situaciones, y acaba
dirigiéndose a la consecución de un artefacto o sustancia, la Piedra Filosofal,
que permite realizar alquimia sin tener en cuenta el Principio de Intercambio
Equivalente. A lo largo de su viaje, los hermanos se enfrentaran a varias
personas, los cuales algunos de ellos también buscan la Piedra Filosofal; Scar,
uno de los supervivientes de la guerra de Ishval que busca vengarse de los alquimistas
nacionales por la destrucción de su raza, y los homúnculos, un grupo de
criaturas con apariencia humana que tienen la habilidad de regenerarse de
cualquier herida.